جکسون بازگشته است و اکنون یک شریک جدید به نام شان دارد که قهرمان کاراته است. آن‌ها باید با یک تروریست مرگبار معروف به «کبرا» روبرو شوند که شان را به یک ویروس مبتلا کرده است. شان و جکسون چاره‌ای جز مبارزه با کبرا و گروه نینجاهای او ندارند.

دو نینجای آمریکایی به نام‌های جو آرمسترانگ و شان دیویدسون با یکدیگر متحد می‌شوند تا با یک تروریست و گروه نینجاهایش مبارزه کنند.

وقتی دختر یک دانشمند ربوده می‌شود، نینجای آمریکایی تلاش می‌کند تا او را پیدا کند، اما این بار او با نوجوان جوانی که خودش راه و روش نینجاها را به او آموزش داده، متحد می‌شود.

یک پلیس معتاد به کار، کم‌کم شک می‌کند که شاید معشوقه جدیدش یک قاتل زنجیره‌ای باشد.

یک زن معمار جوان در یک برج خالی از سکنه گرفتار می‌شود، در حالی که «ستایش‌گر» مخفی‌اش در تعقیب اوست.