لاک‌پشت‌ها و شردر بار دیگر با هم می‌جنگند، این بار بر سر آخرین کپسول حاوی ماده سمی که لاک‌پشت‌ها را به وجود آورده است؛ ماده‌ای که شردر می‌خواهد از آن برای ساخت ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید استفاده کند. در همین حال، اسپلینتر در آستانه گرفتن یک تصمیم بزرگ است.

زن جوانی در ماشین خودش به دام می افتد بعد از سوار کردن شخصی به رایگان که باعث می شود او با ماشینش تصادف کند...