داستان انیمیشن درمورد دختری 12 ساله به نام "آرکی" که در دنیایی که در تاریکی فرو رفته است باید بر ترس‌های خود غلبه کرده و به شهری مرموز سفر کند. او وظیفه دارد پدرش را از دست یک دانشمند خطرناک نجات داده و از نابودی سیاره‌اش نیز جلوگیری کند اما ...

تراویس، روان‌پزشک سی و چند ساله، پس از مرگ دوست‌دخترش برای حفظ تعادل روانی خود تلاش می‌کند. او که در آستانه فروپاشی عصبی است، با کلیسای عجیبی روبرو می‌شود که توسط رهبری کاریزماتیک به نام کشیش جی اداره می‌شود. تراویس در جستجوی پاسخ، هر چه بیشتر به اعماق دنیای زیرزمینی تعصبات مذهبی کشیده می‌شود؛ جایی که خانه‌ی یک فرقه آخرالزمانی و دختری نوجوان به نام گریس است.