برای نه نسل، یک جادوگر شیطانی در نبردهای تن‌به‌تن علیه دشمنان فانی خود پیروز شده است. اگر او در دهمین تورنمنت مورتال کامبت برنده شود، ویرانی و شرارت برای همیشه بر جهان‌های موازی حاکم خواهد شد. برای نجات زمین، سه جنگجو باید بر موانع به ظاهر غیرممکن، شیاطین درون خود و دشمنان فوق‌بشری غلبه کنند.

گروهی از جنگجویان قهرمان در «مورتال کامبت: نابودی» تنها شش روز فرصت دارند تا سیاره زمین را نجات دهند. برای موفقیت، آن‌ها باید از تماشایی‌ترین سری چالش‌هایی که تا به حال یک انسان یا خدا با آن روبرو شده است جان سالم به در ببرند، در حالی که با یک فرمانروای شرور که قصد تسخیر زمین را دارد مبارزه می‌کنند.

داستان فیلم حول محور خواهر یک کلانتر است که پس از کشف اینکه رهبر ترسناک یک گروه قانون‌شکن، برادر، همسر و سایر اعضای خانواده‌اش را به‌طرز وحشیانه‌ای کشته است، تصمیم می‌گیرد انتقام بگیرد و ...

ارل مونتگومری، یک اخراجی پر سر و صدای دانشکده پلیس، و هنک رافرتی، یک پلیس آرام و بی‌آبرو شده، انگار نمی‌توانند از دست یکدیگر خلاص شوند. آن‌ها اولین بار در جریان یک توقف ساده ترافیکی که از کنترل خارج شد، در دو طرف قانون با هم روبرو شدند؛ اکنون به عنوان نگهبانان امنیتی رده‌پایین، مجبور می‌شوند برای متوقف کردن یک باند قاچاق با یکدیگر همکاری کنند.

هارو، یک یتیم آمریکایی است که امواج دریا او را به سواحل ژاپن می‌آورد و به اشتباه به عنوان نینجای سفید بزرگ افسانه‌ای شناخته می‌شود. هارو که در میان بهترین نینجاها بزرگ شده، قوی و بزرگ می‌شود؛ بسیار بزرگ. هارو با داشتن ظرافت و دست‌وپاچلفتی بودن هر سه کمدین گروه سه کله‌پوک در یک بدن، مایه شرمساری قبیله خود است. اما وقتی یک زن بلوند زیبا از او کمک می‌خواهد، به هارو فرصتی خطرناک و به شدت خنده‌دار داده می‌شود تا خود را ثابت کند.

این بار چاینا اوبراین با یک قاچاقچی به مشکل می‌خورد که برای سر او جایزه تعیین کرده است، زیرا چاینا یکی از معاملات مهم مواد مخدر او را به هم زده است. اما تمام جنایتکاران جهان هم برای دستگیری چاینا اوبراین، که یکی از استادان هنرهای رزمی است، کافی نخواهند بود.

چاینا اوبراین، پلیس زن کلان‌شهر و مربی هنرهای رزمی، مجبور می‌شود نشان خود را تحویل دهد و به زادگاهش، شهر کوچکی که پدرش در آن زندگی می‌کند، بازگردد. شهر آرامی که او می‌شناخت، اکنون در چنگال جنایات سازمان‌یافته گرفتار شده است. وقتی پدرش که کلانتر شهر است کشته می‌شود، چاینا تصمیم می‌گیرد برای تصاحب جایگاه او نامزد شود و شهر را پاکسازی کند. نتایج نظرسنجی‌ها باعث بروز مجموعه‌ای از درگیری‌ها می‌شود که در نهایت تعیین می‌کند چه کسی شهر را اداره خواهد کرد.

جیک، یک پلیس نیویورکی، خود را به عنوان یک بازیگر جا می‌زند تا از ساخت فیلم‌های مرگبار رزمی در تایلند پرده بردارد.

مامور دوجانبه، پیکاسو تریگر، در پاریس توسط یک شرور خیانت‌کار به نام میگل اورتیز ترور می‌شود. سپس اورتیز شروع به حذف ماموران آژانس می‌کند که در مرگ برادرش دست داشتند. آژانس با تاخیر وارد عمل می‌شود تا جلوی فعالیت‌های شنیع اورتیز را بگیرد. در ادامه، تیراندازی‌های معمول، ماجراهای عاشقانه و ابزارهای جذاب مجهز به بمب به نمایش درمی‌آید.