داستان در مورد غریبه ای مرموز اهل آفریقای جنوبی به نام جیکوب کینگ می باشد که پس از قطع شدن تمامی راه های ارتباطی با خواهر کوچک ترش در لس آنجلس، تصمیم میگیرد برای پیدا کردن او به لس آنجلس بیاید. او در تلاش است تا اخرین حرکات خواهرش را ردیابی کند و در این حال آثاری از مواد مخـدر و رازهایی وحشتناک پیدا می کند و ...

«نیک فیوری» مدیر سازمان بین المللی S.H.I.E.L.D است که وظیفه این سازمان برقراری آرامش در جهان می باشد. زمانی که فیوری درمیابد که امنیت زمین توسط «لوکی» مورد تهدید قرار گرفته است، به کمک ابرقهرمانانی چون «مرد آهنی»، «هالک شگفت انگیز»، «تور»، «کاپیتان آمریکا»، و «بیوه‌ی سیاه» با او مقابله می کنند، تا جهان را از فاجعه ای بزرگ نجات دهند...

قبل از اینکه «چارلز ژاویر» (جیمز مک‌آووی) و «اریک لنشر» (مایکل فسبندر) به نام‌های پروفسور ایکس و مغناطیس مشهور شوند، دو مرد جوان بودند که به قدرت‌های بخصوصشان پی می بردند. قبل از اینکه به دشمنان قسم خورده تبدیل شوند، آن‌ها بهترین دوستان یکدیگر بودند و به همراه دیگر جهش یافتگان در مقابل بزرگترین تهدید جهان صف آرایی کردند. و در همان زمان بود که اولین اختلافات در بین آن دو شکل گرفت...

وقتی اعضای سندیکای جنایتکار و شرور کائوس به آژانس جاسوسی آمریکا یعنی کنترل حمله می‌کنند و هویت ماموران مخفی فاش می‌شود، رئیس مجبور می‌شود تحلیلگر بی‌عرضه اما مشتاق، مکسول اسمارت را به مامور میدانی ارتقا دهد. او با مامور باسابقه و توانمند، مامور ۹۹ همکار می‌شود، تنها جاسوسی که هویتش فاش نشده است. آیا آن‌ها می‌توانند با همکاری یکدیگر نقشه‌های شیطانی کائوس و مامور مکار آن برای تسلط بر جهان را خنثی کنند؟