الکس، مارتی و دیگر حیوانات باغ‌وحش وقتی پنگوئن‌ها یک هواپیمای سقوط‌کرده را بازسازی می‌کنند، راهی برای فرار از ماداگاسکار پیدا می‌کنند. این هواپیمای متزلزل و تعمیرشده فقط تا اندازه‌ای در هوا دوام می‌آورد که آن‌ها را به قاره آفریقا برساند. در آنجا، این حیوانات نیویورکی برای اولین بار با هم‌نوعان خود روبه‌رو می‌شوند. آفریقا به عنوان یک مکان وحشی شناخته می‌شود، اما الکس و دوستانش در این فکر فرو می‌روند که آیا این مکان از خانه‌شان در سنترال پارک بهتر است یا خیر.

چهار دوست حیوان وقتی از اسارت در باغ‌وحش سنترال پارک فرار می‌کنند و به ساحل جزیره ماداگاسکار می‌رسند، طعم زندگی در حیات وحش را می‌چشند.