یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

یک سال پس از حل پرونده مشهور «تیم باشکوه باتیستا»، کادر پزشکی بااستعداد بیمارستان دانشگاه توجو بار دیگر خود را درگیر شبکه‌ای از توطئه‌ها و رسوایی‌ها می‌بیند. این بار رسوایی در بخش اورژانس رخ می‌دهد، زمانی که نامه‌ای مرموز برای دکتر کیمیکو تاگوچی ارسال می‌شود. در این نامه آمده است: «دکتر هایامی، رئیس جراحان مرکز اورژانس، رابطه پنهانی و تبانی‌آمیزی با یک تولیدکننده تجهیزات پزشکی دارد و سرپرستار نیز با او هم‌دست است.» پس از آن، حقیقتی غیرقابل‌تصور در انتظار است.

جسد مردی با صورت متلاشی‌شده و دست‌های سوخته پیدا می‌شود. به طرز عجیبی، علت مرگ خفگی تشخیص داده می‌شود. وقتی کارآگاه کائورو اوتسومی تلاش می‌کند تا شهادت همسر سابق مقتول را تایید کند، با همسایه مرموز او مواجه می‌شود و تنها چند سرنخ کوچک پیدا می‌کند تا به او در رد کردن یک شهادت به ظاهر بی‌نقص کمک کند.

در ۱۷ مه ۱۹۳۶، در دوره‌ای از جنگ، رکود اقتصادی، ناآرامی‌های عمومی و نظامی‌گری فزاینده، زمانی از آشوب و سردرگمی که افکار عمومی در بهترین حالت غیرقابل‌پیش‌بینی بود، سادا آبه معشوق خود را کشت و او را اخته کرد. سادا که توسط قانون محکوم شده است، خود را مورد ستایش مطبوعات می‌بیند و به عنوان «قدیس» عشق معرفی می‌شود. از آنجا که جنایت او از روی عشق و اشتیاق شدید بود، پاکی انگیزه‌اش او را از یک جنایتکار به یک قهرمان تبدیل می‌کند.

سال ۱۹۶۵ است. تاکه‌یوشی فوجیوارا، دانش‌آموز دبیرستانی، آهنگ «پایپ‌لاین» از گروه ونچرز را می‌شنود و مسحور صدای منحصربه‌فرد آن‌ها می‌شود. او به همراه سه نفر از دوستانش گروهی به نام «سوارکاران گهواره‌ای» تشکیل می‌دهد. نگاهی گرم و کمدی به زندگی دبیرستانی و شهری کوچک در ژاپن دهه ۶۰ میلادی.

خانواده کیتائو در حال کنار آمدن با غم از دست دادن دختر بزرگشان، چیزوکو هستند که سال گذشته در یک حادثه عجیب کشته شد. وقتی دختر دیگر خانواده یعنی میکا ناگهان در موقعیت خطرناکی قرار می‌گیرد، چیزوکو به عنوان یک شبح بازمی‌گردد تا او را نجات دهد؛ میکا که دوباره به خواهرش پیوسته است، شروع به وقت‌گذرانی با چیزوکو می‌کند.

یک مدرسه ابتدایی بین‌المللی ژاپنی به همراه تمام دانش‌آموزان و کارکنان داخل آن، به طرز مرموزی به یک بیابان برهوت و شوم منتقل می‌شوند. با پیش رفتن داستان، دانش‌آموزان که تعدادشان رو به کاهش است، این بحران آخرالزمانی را پشت سر می‌گذارند و در عین حال به دنبال سرنخ‌هایی درباره محیط اطراف خود می‌گردند و با فروپاشی‌های روانی و نیروهای خطرناک بیرونی دست و پنجه نرم می‌کنند.

در ماه‌های پر تب‌وتاب ملی‌گرایانه پیش از جنگ جهانی دوم، یک نوجوان سرکش به دبستان جدیدی در یک شهر کوچک در حاشیه دریای داخلی ژاپن منتقل می‌شود. او با قلدر اول مدرسه که به خواهرخوانده بزرگترش علاقه پیدا کرده، رقابت می‌کند. وقتی آن‌ها متوجه می‌شوند که قرار است این دختر برای پرداخت بدهی‌های پدرش به یک فاحشه‌خانه فروخته شود، ائتلافی ناخواسته برای نجات او تشکیل می‌دهند.