با ظهور مجدد گایوس، پیوند گامرا با بشریت قطع شده و رابطه او با آساکی از بین رفته است. ناگامینه و آساکی در حال تحقیق هستند که دختری یتیم به نام آیانا موجود جدیدی را کشف می‌کند و نام او را ایریس می‌گذارد. ناگامینه و آساکی باید پیش از آنکه آیانا انتقام خود را از گامرا، که او را مقصر مرگ خانواده‌اش می‌داند، بگیرد به او برسند.

گودزیلا برای ژاپن به خاطره‌ای دور تبدیل شده است تا اینکه نابودی یک زیردریایی آمریکایی باعث نگرانی دریاسالار تاچیبانا می‌شود. دختر او یوری که رابطه‌اش با پدر شکرآب است، درباره افسانه هیولاهای نگهبان تحقیق می‌کند؛ هیولاهایی که باید برای محافظت از ژاپن در برابر ارواح انتقام‌جوی درون گودزیلا برخیزند، ارواحی که می‌خواهند این کشور و مردمش را به خاطر رنج‌هایی که در نبرد اقیانوس آرام متحمل شده‌اند، نابود کنند.