موترا و پری‌هایش به ژاپن بازمی‌گردند تا به بشریت هشدار دهند که باید کیریو را به دریا بازگردانند، چرا که مردگان نباید آشفته شوند. با این حال، گودزیلا جان سالم به در برده تا دوباره ژاپن را تهدید کند و کیریو را به عنوان تنها دفاع این کشور باقی بگذارد.

این فیلم که در اصل در سال ۱۹۸۴ با نام «بازگشت گودزیلا» در ژاپن اکران شد، نسخه به شدت تدوین‌شده و تغییرنام‌یافته‌ای با عنوان «گودزیلا ۱۹۸۵» است. با اضافه کردن صحنه‌های جدیدی از ریموند بر، این شانزدهمین فیلم گودزیلا تمام دنباله‌های قبلی را نادیده می‌گیرد و به عنوان دنباله مستقیم فیلم «گودزیلا، پادشاه هیولاها» محصول ۱۹۵۶ عمل می‌کند. این اثر لحن تاریک نسخه اصلی را بازمی‌گرداند و ما شاهد ویرانی‌های هسته‌ای مارمولک غول‌پیکری هستیم که ژاپن را به وحشت انداخته است.

پس از حمله به یک قایق ماهیگیری، تنها بازمانده خدمه متوجه می‌شود که این موجود کسی نیست جز یک گودزیلای احیاشده. با این حال، تلاش‌ها برای افشای این ماجرا توسط دولت ژاپن و در بحبوحه تنش‌های سیاسی فزاینده میان ایالات متحده و اتحاد جماهیر شوروی سرکوب می‌شود؛ چرا که هر دو کشور حاضرند برای متوقف کردن این هیولا، ژاپن را بمباران کنند.

یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.

پس از اینکه یک شهاب‌سنگ هیولایی سه سر را در توکیو رها می‌کند، ماترا تلاش می‌کند تا با گودزیلا و رودان متحد شود تا با این تهدید فرازمینی مبارزه کند.

ایچیرو ساکای و جونکو، دو روزنامه‌نگار، در حال پوشش خبری خسارت‌های یک طوفان هستند که تخم غول‌پیکری پیدا می‌شود و کارآفرینان طماع ادعای مالکیت آن را می‌کنند. پری‌های موترا از راه می‌رسند و با کمک این روزنامه‌نگاران خواستار بازگرداندن آن می‌شوند. با رد درخواست آن‌ها، گودزیلا در نزدیکی ناگویا ظاهر می‌شود و مردم جزیره اینفنت باید تصمیم بگیرند که آیا حاضرند به درخواست‌های کمک خود ژاپن پاسخ دهند یا خیر.

پنج مسافر و دو خدمه در یک جزیره استوایی نزدیک به خط استوا سرگردان می‌شوند. این جزیره غذای خوراکی کمی دارد و آن‌ها تلاش می‌کنند در یک کشتی مخروبه پوشیده از قارچ زندگی کنند و در عین حال قایق تفریحی کیسی را تعمیر کنند. در نهایت، آن‌ها بر سر جیره غذایی که توسط خدمه قبلی به جا مانده است با هم درگیر می‌شوند. به زودی آن‌ها متوجه حضور چیزی نامهربان در آنجا می‌شوند...

پیدا شدن بازماندگان یک کشتی‌شکسته در جزیره اینفنت که گمان می‌رفت غیرمسکونی باشد، منجر به اعزام یک گروه علمی می‌شود. آن‌ها یک جمعیت بومی بازمانده را به همراه شوبيجين، پری‌های کاهنه و کوچک دوقلوی الهه افسانه‌ای جزیره به نام موترا، کشف می‌کنند. پس از اینکه پری‌ها توسط یک تاجر استثمارگر به نام کلارک نلسون ربوده می‌شوند، موترا برای نجات آن‌ها به راه می‌افتد.

سانائه پس از مرگ شوهر سرشناسش بیوه می‌شود، اما عواید یک بیمه‌نامه یک میلیون ینی را در اختیار دارد. از آنجا که او فرزندی ندارد، خانواده شوهر سابقش هیچ مخالفتی با بازگشت او به نزد خانواده خودش ندارند.

دو خلبان گشت ماهیگیری با کشف وحشتناک یک گودزیلای دوم در کنار هیولای جدیدی به نام آنگیلوس روبرو می‌شوند. مقامات که سلاح نابودکننده گودزیلای اول را در اختیار ندارند، تلاش می‌کنند گودزیلا را از خشکی دور کنند. اما با رسیدن آنگیلوس، این دو هیولا به سمت اوساکا حرکت می‌کنند و ژاپن خود را برای یک فاجعه آماده می‌کند.

زندگی یک گیشا پس از از بین رفتن زیبایی‌اش و بازنشستگی چگونه است؟ کین با پس‌انداز خود به یک نزول‌خور ثروتمند تبدیل شده و روزهایش را به جمع‌آوری بی‌رحمانه بدهی‌ها می‌گذراند. حتی صمیمی‌ترین دوستانش، تومی، نوبو و تاما که آن‌ها نیز گیشا بوده‌اند، اکنون به او بدهکارند. برای همه آن‌ها، شکوه دوران جوانی گذشته است؛ تومی و تاما فرزندانی ناامیدکننده دارند. کین دو معشوقه سابق دارد که هنوز به دنبال او هستند؛ یکی را می‌خواهد ببیند و دیگری را نه. اما حتی آن کسی که با خاطره‌ای خوش از او یاد می‌کند، وقتی ظاهر می‌شود، ناامیدکننده از آب درمی‌آید.

جیروچوی آواره به طور تصادفی با ماجرای قتل احتمالی همسرش مواجه می‌شود و در حین فرار، ماجراهای دیگری را تجربه می‌کند.

جیروچو و پیروانش، گروه کوروکوما را تا استان کای تعقیب می‌کنند.