پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

آینده‌پژوهان، مسافران زمانی از قرن بیست‌وسوم، وارد ژاپن می‌شوند تا به آن‌ها درباره نابودی کشور به دست گودزیلا هشدار دهند. آن‌ها پیشنهاد می‌کنند که با جلوگیری از خلق گودزیلا، او را از تاریخ حذف کنند. با ناپدید شدن ظاهری گودزیلا، هیولای جدیدی ظاهر می‌شود و نیت واقعی مسافران زمان برملا می‌گردد.

یک دانشجو برای تعطیلات تابستان به کوبه بازمی‌گردد. او در آنجا با دوستش «رت» ملاقات می‌کند، در پاتوق همیشگی‌شان وقت می‌گذراند، به آهنگ‌های گروه «بیچ بویز» گوش می‌دهد و با یک دختر دوقلوی مرموز آشنا می‌شود.