پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

آینده‌پژوهان، مسافران زمانی از قرن بیست‌وسوم، وارد ژاپن می‌شوند تا به آن‌ها درباره نابودی کشور به دست گودزیلا هشدار دهند. آن‌ها پیشنهاد می‌کنند که با جلوگیری از خلق گودزیلا، او را از تاریخ حذف کنند. با ناپدید شدن ظاهری گودزیلا، هیولای جدیدی ظاهر می‌شود و نیت واقعی مسافران زمان برملا می‌گردد.

همتای تاریک موترا یعنی باترا، ظهور می‌کند تا به نمایندگی از زمین، بشریت را نابود کند. دو پری کوچک به نام کازموس با فراخواندن موترا برای مبارزه با این موجود، کمک خود را ارائه می‌دهند. متأسفانه یک شهاب‌سنگ باعث بیدار شدن گودزیلای در حال خواب زمستانی شده و نبردی سه‌جانبه برای بقای زمین آغاز می‌شود.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

اقتباس سینمایی ماساکی تزوکا از «بال‌های نجات» با تمرکز بر یک خلبان تازه‌کار زن با بازی یوکو تاکایامای ۱۶ ساله (که در زمان فیلم‌برداری تنها ۱۵ سال داشت)، از نسخه اصلی فاصله می‌گیرد. هاروکا کاواشیما پس از نجات جان مادرش، به یک تیم زبده نجات هوایی می‌پیوندد و تصمیم می‌گیرد به اولین خلبان زن هلیکوپتر نجات UH-60J (نسخه ژاپنی بلک هاوک) تبدیل شود. او آموزش‌های سخت و طاقت‌فرسایی را پشت سر می‌گذارد و باید بر احساسات خود برای انجام کار خطیر نجات جان انسان‌ها غلبه کند. پس از چند اشتباه، به او رک و پوست‌کنده گفته می‌شود که برای خلبان نجات بودن به اندازه کافی خوب نیست، اما این چالش او را مصمم‌تر می‌کند. یک روز، یک جنگنده F-15J از رادار محو می‌شود و کاواشیما پیام اضطراری را دریافت می‌کند. او با سوخت ذخیره و در جدال با تمام سختی‌ها، باید ماموریت خود را به هر قیمتی انجام دهد.

یک دانشجو برای تعطیلات تابستان به کوبه بازمی‌گردد. او در آنجا با دوستش «رت» ملاقات می‌کند، در پاتوق همیشگی‌شان وقت می‌گذراند، به آهنگ‌های گروه «بیچ بویز» گوش می‌دهد و با یک دختر دوقلوی مرموز آشنا می‌شود.