وقتی یک شرکت داروسازی حیله‌گر برای دزدیدن کینگ کونگ به منظور اهداف تبلیغاتی به یک جزیره استوایی دورافتاده می‌رود، با حمله این میمون غول‌پیکر به یک روستای بی‌دفاع و یک اختاپوس عظیم‌الجثه، با عواقبی بسیار فراتر از انتظار خود روبرو می‌شود.

آینده‌پژوهان، مسافران زمانی از قرن بیست‌وسوم، وارد ژاپن می‌شوند تا به آن‌ها درباره نابودی کشور به دست گودزیلا هشدار دهند. آن‌ها پیشنهاد می‌کنند که با جلوگیری از خلق گودزیلا، او را از تاریخ حذف کنند. با ناپدید شدن ظاهری گودزیلا، هیولای جدیدی ظاهر می‌شود و نیت واقعی مسافران زمان برملا می‌گردد.

مرکز مقابله با گودزیلا در سازمان ملل بقایای مگا-کینگ گیدورا را بازیابی کرده و مگاگودزیلا را به عنوان سلاحی برای مقابله با گودزیلا می‌سازد. در همین حال، یک تخم غول‌پیکر به همراه هیولای جدیدی به نام رودان کشف می‌شود. به زودی مشخص می‌شود که این تخم چیزی نیست جز نوزاد گودزیلاسوروس.

یک موجود فضایی مرموز شبیه به گودزیلا با سرعت به زمین نزدیک می‌شود. این هیولا که «گودزیلای فضایی» نامیده می‌شود، برای به چالش کشیدن پادشاه هیولاها روی زمین فرود می‌آید.

یک آدم‌کش تازه‌کار که با مشکلات مالی دست‌وپنجه نرم می‌کند، با بی‌میلی ماموریت پیدا کردن قاتل اجیرشده یک سرمایه‌دار بزرگ ژاپنی را می‌پذیرد.

در سال ۱۹۷۶، کشف می‌شود که ستاره‌ای سرگردان به نام گوراث در مسیر برخورد با زمین قرار دارد. اگرچه این ستاره از زمین کوچک‌تر است، اما جرم عظیم آن برای نابودی کامل سیاره کافی است. مأموریتی که برای مشاهده گوراث اعزام شده بود، پس از کشیده شدن سفینه به داخل ستاره نابود می‌شود و مأموریت بعدی نیز به سختی از همان سرنوشت می‌گریزد. با این حال، فضانورد تاتسوما کانای به دلیل تجربه نزدیک به مرگش در وضعیت بهت‌زدگی و کاتاتونیک رها می‌شود. دانشمندان زمین که قادر به نابودی ستاره مهاجم نیستند، نقشه‌ای ناامیدانه برای ساخت راکت‌های غول‌آسا در قطب جنوب اجرا می‌کنند تا پیش از آنکه خیلی دیر شود، سیاره را از مسیر گوراث خارج کنند.

بشریت سرانجام خود را از شر گودزیلا خلاص می‌کند و او را در مقبره‌ای یخی در قطب جنوب به بند می‌کشد. همه چیز در آرامش است تا اینکه هیولاهای مختلفی برای نابودی شهرهای زمین ظاهر می‌شوند. بشریت که درمانده شده است، ظاهراً توسط نژادی از بیگانگان خیرخواه به نام «زیلین‌ها» نجات می‌یابد. اما همه چیز در مورد این بازدیدکنندگان عجیب آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اگر بشریت می‌خواهد زنده بماند، باید با بی‌میلی منفورترین دشمن خود یعنی گودزیلا را دوباره زنده کند.

یک سفر اکتشافی زیردریایی برای نجات بقایای مگاگودزیلا توسط دایناسور عظیمی به نام تیتانوسوروس خنثی می‌شود. تحقیقات اینترپل باعث می‌شود تا یک زیست‌شناس به نام ایچینوسه از کارهای دکتر مافونه و دختر مرموزش کاتسورا پرده بردارد. با هم‌پیمان شدن کاتسورا با بیگانگان سیاهچاله، زندگی او با این ماشین احیاشده گره می‌خورد.

یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.

آمریکایی‌ها به سرعت در حال نزدیک شدن به اوکیناوا هستند، جزیره‌ای در جنوب سرزمین اصلی ژاپن. فرماندهی امپراتوری ژنرال‌های ارشد و چندین لشکر ارتش را می‌فرستد تا به هر قیمتی از آن دفاع کنند. با منحرف شدن منابع حیاتی و نیروها به جزایر دیگر، این مأموریت به سرعت تضعیف می‌شود. پس از اینکه تخلیه غیرنظامیان به فاجعه ختم می‌شود، بیشتر افراد غیرنظامی مجبور به ماندن در جزیره می‌شوند. بسیاری از آن‌ها به وضعیت سرباز تغییر موضع می‌دهند. توکیو پیام‌های متناقضی می‌فرستد که زمان و منابع را هدر می‌دهد، مانند زمانی که به مدافعان دستور می‌دهند تا یک باند فرودگاه برای هواپیماهایی بسازند که هرگز نمی‌آیند. حقیقت به زودی آشکار می‌شود: فرماندهی عالی تصمیم می‌گیرد که جزیره قابل نگهداری نیست و عملاً مدافعان اوکیناوا را رها می‌کند. وقتی آمریکایی‌ها فرود می‌آیند، بسیاری از نیروها در مکان‌های اشتباه مستقر شده‌اند. با افزایش کشتار، رویکردی انتحاری حاکم می‌شود. اوکیناوا به یک تله مرگ تبدیل می‌شود، هم برای داوطلبان غیرنظامی و هم برای افراد غیرنظامی.

هنگامی که یک کاوشگر فضایی در یک جزیره مرجانی دورافتاده در اقیانوس آرام سقوط می‌کند، موجودات بیگانه پنهان‌شده در سفینه تصمیم می‌گیرند دنیای جدید خود را موجود به موجود تسخیر کنند. به زودی، این چرخه‌های حیات انگلی به سه موجود بومی یعنی یک ماهی مرکب، یک خرچنگ و یک لاک‌پشت گازگیر می‌چسبند و آن‌ها را به هیولاهای جهش‌یافته غول‌پیکر تبدیل می‌کنند.

ایچیرو میکی کودکی است که در منطقه صنعتی کاوازاکی زندگی می‌کند؛ جایی که تلاش مداوم والدینش برای تامین مخارج زندگی، اغلب این دانش‌آموز را تنها می‌گذارد. او که مدام توسط قلدری به نام گابارا اذیت می‌شود، تنها دوستانش شینپی، طراح اسباب‌بازی، و همکلاسی‌اش ساچیکو هستند. ایچیرو به رویاهای فرار از واقعیت در جزیره هیولاها پناه می‌برد، جایی که با مینیلا، هیولای دیگری که او هم مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرد، دوست می‌شود.

در آغاز قرن جدید، تمام هیولاهای زمین جمع‌آوری شده و به طور ایمن در جزیره هیولاها نگهداری می‌شوند. اما زمانی که یک نژاد از زنان بیگانه فضایی به نام کیلاکس‌ها هیولاها را در سراسر جهان رها می‌کنند، هرج‌ومرج و آشوب به پا می‌شود.

گورو ماکی، خبرنگار کنجکاو، به طور تصادفی با دانشمندانی مواجه می‌شود که در حال انجام آزمایش‌های آب‌وهوایی در جزیره سولگل در دریاهای جنوبی هستند. او متوجه می‌شود که این جزیره مسکن آخوندک‌های غول‌پیکر و زنی به نام سایکو است که پس از مرگ پدرش در آنجا رها شده است. این دو به زودی هیولای نوزاد و بی‌پناهی را پیدا می‌کنند که گودزیلا باید او را به سرپرستی بگیرد و بزرگ کند.

گایرا، یک هیولای دریایی انسان‌نما که از سلول‌های دور ریخته شده هیولای فرانکنشتاین به وجود آمده، به سواحل توکیو حمله می‌کند. در حالی که ارتش ژاپن خود را برای اقدام آماده می‌کند، برادر گارگانتوایی گایرا یعنی ساندا، از کوهستان پایین می‌آید تا از هم‌نوع خود دفاع کند. نبردی میان خیر و شر درمی‌گیرد که برادران را روبروی هم قرار می‌دهد و شهری را به ویرانه تبدیل می‌کند.

پس از اینکه یک شهاب‌سنگ هیولایی سه سر را در توکیو رها می‌کند، ماترا تلاش می‌کند تا با گودزیلا و رودان متحد شود تا با این تهدید فرازمینی مبارزه کند.

ایچیرو ساکای و جونکو، دو روزنامه‌نگار، در حال پوشش خبری خسارت‌های یک طوفان هستند که تخم غول‌پیکری پیدا می‌شود و کارآفرینان طماع ادعای مالکیت آن را می‌کنند. پری‌های موترا از راه می‌رسند و با کمک این روزنامه‌نگاران خواستار بازگرداندن آن می‌شوند. با رد درخواست آن‌ها، گودزیلا در نزدیکی ناگویا ظاهر می‌شود و مردم جزیره اینفنت باید تصمیم بگیرند که آیا حاضرند به درخواست‌های کمک خود ژاپن پاسخ دهند یا خیر.

پنج مسافر و دو خدمه در یک جزیره استوایی نزدیک به خط استوا سرگردان می‌شوند. این جزیره غذای خوراکی کمی دارد و آن‌ها تلاش می‌کنند در یک کشتی مخروبه پوشیده از قارچ زندگی کنند و در عین حال قایق تفریحی کیسی را تعمیر کنند. در نهایت، آن‌ها بر سر جیره غذایی که توسط خدمه قبلی به جا مانده است با هم درگیر می‌شوند. به زودی آن‌ها متوجه حضور چیزی نامهربان در آنجا می‌شوند...

پیدا شدن بازماندگان یک کشتی‌شکسته در جزیره اینفنت که گمان می‌رفت غیرمسکونی باشد، منجر به اعزام یک گروه علمی می‌شود. آن‌ها یک جمعیت بومی بازمانده را به همراه شوبيجين، پری‌های کاهنه و کوچک دوقلوی الهه افسانه‌ای جزیره به نام موترا، کشف می‌کنند. پس از اینکه پری‌ها توسط یک تاجر استثمارگر به نام کلارک نلسون ربوده می‌شوند، موترا برای نجات آن‌ها به راه می‌افتد.

آنزاکو (هلو کوچولو) دختر یک نویسنده موفق است. او تمام خواستگاران خود را رد می‌کند تا اینکه با نویسنده‌ای تازه‌کار به نام ریوکیچی ازدواج می‌کند. زندگی آن‌ها به سرعت به ورطه ناامیدی کشیده می‌شود.

در ژاپن، مهاجمانی با فناوری‌های پیشرفته علمی از سیاره جنگ‌زده و نابودشده مایستروید، باعث ناپدید شدن یک روستای کامل می‌شوند و سپس یک ربات غول‌پیکر را برای حمله شبانه به شهر می‌فرستند. آن‌ها پس از این اقدامات، با ادعای صلح‌طلب بودن، درخواست بخش کوچکی از زمین و حق ازدواج با زنان زمینی را مطرح می‌کنند. بشریت باید تصمیم بگیرد که تسلیم شود یا مقاومت کند.

مهندس معدن، شیگرو، درباره ناپدید شدن و مرگ همکارانش تحقیق می‌کند که حشرات ماقبل تاریخ در حال خروج از معادن کشف می‌شوند. پس از حمله به روستای محلی، شیگرو به اعماق معادن می‌رود تا با کشف هولناک‌تری در قالب یک موجود پرنده ماقبل تاریخ روبرو شود. به زودی هیولای دومی ظاهر می‌شود و این دو در فوکوئوکا به هم می‌رسند.

آزمایش سلاحهای هسته ای آمریکا موجب به وجود آمدن موجودی غول پیکر و دایناسور مانند می شود که غیر قابل توقف ا