پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

آینده‌پژوهان، مسافران زمانی از قرن بیست‌وسوم، وارد ژاپن می‌شوند تا به آن‌ها درباره نابودی کشور به دست گودزیلا هشدار دهند. آن‌ها پیشنهاد می‌کنند که با جلوگیری از خلق گودزیلا، او را از تاریخ حذف کنند. با ناپدید شدن ظاهری گودزیلا، هیولای جدیدی ظاهر می‌شود و نیت واقعی مسافران زمان برملا می‌گردد.

یک سفر اکتشافی زیردریایی برای نجات بقایای مگاگودزیلا توسط دایناسور عظیمی به نام تیتانوسوروس خنثی می‌شود. تحقیقات اینترپل باعث می‌شود تا یک زیست‌شناس به نام ایچینوسه از کارهای دکتر مافونه و دختر مرموزش کاتسورا پرده بردارد. با هم‌پیمان شدن کاتسورا با بیگانگان سیاهچاله، زندگی او با این ماشین احیاشده گره می‌خورد.

یک استاد دانشگاه پست جدیدی را در یک مدرسه شبانه‌روزی دخترانه می‌پذیرد، اما به زودی متوجه می‌شود که مدیر مدرسه راز تاریکی را پنهان می‌کند.

گورو ایبوکی مخترع، یک ربات انسان‌نما به نام جت جگوار می‌سازد. این ربات به زودی توسط یک نژاد زیرزمینی از مردم به نام سیتوپیایی‌ها ربوده می‌شود. سیتوپیایی‌ها با استفاده از جت جگوار به عنوان راهنما، مگالون را برای انتقام از آزمایش‌های هسته‌ای که جامعه آن‌ها را ویران کرده است، می‌فرستند.

آمریکایی‌ها به سرعت در حال نزدیک شدن به اوکیناوا هستند، جزیره‌ای در جنوب سرزمین اصلی ژاپن. فرماندهی امپراتوری ژنرال‌های ارشد و چندین لشکر ارتش را می‌فرستد تا به هر قیمتی از آن دفاع کنند. با منحرف شدن منابع حیاتی و نیروها به جزایر دیگر، این مأموریت به سرعت تضعیف می‌شود. پس از اینکه تخلیه غیرنظامیان به فاجعه ختم می‌شود، بیشتر افراد غیرنظامی مجبور به ماندن در جزیره می‌شوند. بسیاری از آن‌ها به وضعیت سرباز تغییر موضع می‌دهند. توکیو پیام‌های متناقضی می‌فرستد که زمان و منابع را هدر می‌دهد، مانند زمانی که به مدافعان دستور می‌دهند تا یک باند فرودگاه برای هواپیماهایی بسازند که هرگز نمی‌آیند. حقیقت به زودی آشکار می‌شود: فرماندهی عالی تصمیم می‌گیرد که جزیره قابل نگهداری نیست و عملاً مدافعان اوکیناوا را رها می‌کند. وقتی آمریکایی‌ها فرود می‌آیند، بسیاری از نیروها در مکان‌های اشتباه مستقر شده‌اند. با افزایش کشتار، رویکردی انتحاری حاکم می‌شود. اوکیناوا به یک تله مرگ تبدیل می‌شود، هم برای داوطلبان غیرنظامی و هم برای افراد غیرنظامی.