همتای تاریک موترا یعنی باترا، ظهور می‌کند تا به نمایندگی از زمین، بشریت را نابود کند. دو پری کوچک به نام کازموس با فراخواندن موترا برای مبارزه با این موجود، کمک خود را ارائه می‌دهند. متأسفانه یک شهاب‌سنگ باعث بیدار شدن گودزیلای در حال خواب زمستانی شده و نبردی سه‌جانبه برای بقای زمین آغاز می‌شود.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

شاهزاده یاماتو پس از کشتن برادرش، از قلمرو پدرش تبعید می‌شود تا زمانی که بتواند قدرت‌های خطرناک خود را تحت کنترل درآورد. او در طول سفر خود با کاهنه جادوگر، اوتو، آشنا و همراه می‌شود و آن‌ها با هم به جنگ با خدای شریری می‌روند که در قالب یک هیدرا (مار چندسر) غول‌پیکر در حال ویران کردن زمین است. آیا یاماتو هرگز به خانه بازخواهد گشت تا جایگاه واقعی خود را بر تخت پادشاهی پس بگیرد؟

ناکادای معلم زبان انگلیسی در یک مدرسه محلی است. او مانند شخصیت‌های مظلوم ده‌ها فیلم و سریال تلویزیونی، تحت فشار و سختی قرار دارد. تماشاگرانی که از طرفداران پر و پا قرص ناکادای هستند، از غر زدن‌های کمدی او در اینجا لذت خواهند برد. زندگی خانوادگی او با همسری حواس‌پرت (اما جذاب)، سه فرزند خردسال، یک مدرسه پر سر و صدا در آن نزدیکی که توسط یک تاجر فاسد و منفور اداره می‌شود و رفت‌وآمدهای مکرر دوستان تنبلش، تقریباً فاجعه‌بار است. و البته یک گربه خاکستری با چشم‌های سبز!

داستان در کیوتوی قرن سیزدهم روایت می‌شود، جایی که دربار امپراتوری تحت کنترل روحانیون است. شیجو دختر روستایی جوانی بود که به عنوان معشوقه به یک دایمیوی قدرتمند فروخته شد. او که از زندگی در انزوا خسته شده، رابطه‌ای را با مشاور دولتی و برادر امپراتور بازنشسته آغاز می‌کند. پس از اینکه متوجه می‌شود تنها بازیچه‌ای در دربار است، راهبه شده و در کشور سرگردان می‌شود.

یک خدمتکار جوان و به شدت وفادار در یک خانواده اشرافی رو به زوال زندگی می‌کند؛ خانواده‌ای که اعضای آن به سمت مدرنیته، لذت‌جویی و فروپاشی مالی سوق پیدا کرده‌اند. در حالی که خانواده بر سر سرنوشت املاکشان با هم مشاجره می‌کنند، او به سنت‌ها و آیین‌ها پایبند می‌ماند و به شاهدی خاموش برای تغییرات اجتماعی و ناآرامی‌های عاطفی پیرامونش تبدیل می‌شود.