یک طراح سلاح‌های فوق‌سری دولتی توسط یک سازمان دولتی مخفی به اتهام اینکه یک کلون ساخته‌شده توسط نژاد بیگانه متخاصم برای تسخیر زمین است، دستگیر می‌شود.

داستان فیلم درباره خانواده ای از یک گروه خونی باستانی که تنها امیدشان برای ادامه نسل خانواده به دخترشان است، ولی او مشکلی بزرگ دارد و ....

مدتها از زمانی که مامیل به دلیل بد بودن صدایش از پنگوئن های دیگر جدا شد و سفر شگفت انگیزی را شروع کرد می گذرد.حالا مامبل با دختر مورد علاقه اش گلوریا ازدواج کرده و آنها صاحب فرزندی شده اند که او نیز به مانند پدر و مادرش استعدادهای نهفته ایی در خود دارد. اما این زندگی خوش چندان دوام ندارد و...

موگلی در دهکده انسان‌ها در کنار برادر ناتنی کوچکش رانجان و بهترین دوستش شانتی زندگی می‌کند. اما این پسر جنگلی هنوز ریتم جنگل را در قلب خود دارد و دلش برای دوستان قدیمی‌اش بالو و باگیرا تنگ شده است. وقتی موگلی برای کمی تفریح و هیجان دوباره به دل طبیعت وحشی بازمی‌گردد، به زودی متوجه می‌شود که ببر آدم‌خوار، شیرخان، در سایه‌ها کمین کرده و در حال برنامه‌ریزی برای انتقام است.