وقتی اسکوبی و اعضای گروه در یک بازی ویدئویی که برای خودشان ساخته شده گرفتار می‌شوند، باید با «ویروس فانتوم» مبارزه کنند. برای فرار از بازی، آن‌ها باید مرحله به مرحله پیش بروند و بازی را یک‌بار برای همیشه شکست دهند.

اسکوبی دو و گروه اسرارآمیز به اوک‌هیون در ماساچوست سفر می‌کنند تا به بررسی اتفاقات عجیبی بپردازند که یک نویسنده مشهور ژانر وحشت و جد بزرگش، که شایعه شده یک ساحره بوده است، در آن نقش دارند.

پس از جدایی از یکدیگر، اسکوبی-دو، شگی، ولما، دافنه و فرد دوباره با هم متحد می‌شوند تا درباره روح دزد دریایی به نام مون‌اسکار در یک جزیره مردابی جن‌زده تحقیق کنند، اما مشخص می‌شود که روح این دزد دریایی تنها موجود ترسناک جزیره نیست. کارآگاهان جوان همچنین با موجودات گربه‌نما و زامبی‌ها روبرو می‌شوند... و به نظر می‌رسد برای اولین بار در زندگی‌شان، این هیولاها واقعاً واقعی هستند.