وقتی یک شرکت داروسازی حیله‌گر برای دزدیدن کینگ کونگ به منظور اهداف تبلیغاتی به یک جزیره استوایی دورافتاده می‌رود، با حمله این میمون غول‌پیکر به یک روستای بی‌دفاع و یک اختاپوس عظیم‌الجثه، با عواقبی بسیار فراتر از انتظار خود روبرو می‌شود.

مرکز مقابله با گودزیلا در سازمان ملل بقایای مگا-کینگ گیدورا را بازیابی کرده و مگاگودزیلا را به عنوان سلاحی برای مقابله با گودزیلا می‌سازد. در همین حال، یک تخم غول‌پیکر به همراه هیولای جدیدی به نام رودان کشف می‌شود. به زودی مشخص می‌شود که این تخم چیزی نیست جز نوزاد گودزیلاسوروس.

با وجود تلاش‌های تورو، تنها پسر خانواده یوباری، برای داشتن یک زندگی عادی به عنوان یک بانکدار، زندگی او به دلیل دردسرهایی که پدرش ایجاد می‌کند مختل می‌شود. وقتی جنگ پدرش با گروه رقیب یعنی خانواده مییکه شعله‌ور می‌شود، تورو بیش از آنچه می‌خواست درگیر این جنگ قلمرویی می‌شود.

گورو ماکی، خبرنگار کنجکاو، به طور تصادفی با دانشمندانی مواجه می‌شود که در حال انجام آزمایش‌های آب‌وهوایی در جزیره سولگل در دریاهای جنوبی هستند. او متوجه می‌شود که این جزیره مسکن آخوندک‌های غول‌پیکر و زنی به نام سایکو است که پس از مرگ پدرش در آنجا رها شده است. این دو به زودی هیولای نوزاد و بی‌پناهی را پیدا می‌کنند که گودزیلا باید او را به سرپرستی بگیرد و بزرگ کند.

پس از اینکه اربابشان با فریب مجبور به خودکشی آیینی می‌شود، چهل و هفت جنگجوی سامورایی منتظر فرصتی می‌مانند تا انتقام ارباب خود را بگیرند و شرف خود را بازپس‌ستانند.