در سال ۲۱۹۹، پنج سال پس از آغاز تهاجم گامیلوها به زمین، این سیاره توسط بمبهای بیگانگان ویران شده است. بازماندگان بشریت برای فرار از سطح رادیواکتیو به زیر زمین پناه بردهاند. یک روز، خلبان سابق سوسومو کودای کپسولی را کشف میکند که از سیاره ایسکاندار فرستاده شده و از دستگاهی خبر میدهد که میتواند تشعشعات را از سطح زمین پاک کند. نیروی دفاعی زمین ناو جنگی یاماتو را با سیستم رانش جدیدی بازسازی میکند تا سفر ۱۴۸,۰۰۰ سال نوری به ایسکاندار را به امید نجات زمین آغاز کند. در عرض یک سال، تشعشعات بقیه بشریت را به مرز نابودی خواهد کشاند.