داستان یک دیپلمات ژاپنی که گاهی شیندلر ژاپن نامیده می‌شود، و زندگی او تا پیش از تصمیمش برای صدور بیش از ۲۰۰۰ ویزا برای پناهندگان یهودی در کائوناس لیتوانی و پس از آن، که منجر به نجات جان بیش از ۶۰۰۰ نفر شد. این داستان مردی است که باور داشت باید هر کاری که می‌تواند برای منافع ژاپن محبوبش انجام دهد، از جمله تلاش برای جلوگیری از درگیر شدن کشورش در یک درگیری جهانی که آن را اجتناب‌ناپذیر می‌دید. او در این مسیر با مصائب یهودیان اروپایی که تلاش می‌کردند از یورش نازی‌ها و ارتش به سرعت در حال پیشروی آلمان فرار کنند، روبرو شد. او که میان سیاست‌های انعطاف‌ناپذیر کشورش (که اکنون با معاهده به آلمان نازی متعهد شده بود) و بیداری مسئولیت‌های اخلاقی‌اش گیر افتاده بود، مسیر زندگی‌اش را از روزهای اولیه در منچوری تا اعزامش به لیتوانی و قرار ملاقاتش با سرنوشت دنبال می‌کنیم؛ سرنوشتی که او را برای همیشه به یک قهرمان تبدیل کرد.

هم‌زمان با المپیک توکیو که موجی از مدرن‌سازی سریع را به همراه دارد، ساکنان خیابان سوم با آغازهای جدیدی روبه‌رو می‌شوند؛ موتسوکو با یک پزشک جوان و ظاهراً بی‌نقص آشنا می‌شود که شاید آن‌طور که به نظر می‌رسد نباشد، در حالی که چاگاوا با دوران رکود نویسندگی خود و معنای واقعی پدر بودن برای پسری که بزرگ کرده دست‌وپنجه نرم می‌کند.

در منطقه سرخ سوسوکینو در ساپورو، یک کارآگاه خصوصی (یو اویزومی) به همراه راننده‌اش تاکادا (ریوهی ماتسودا) در بار محبوبش مشغول نوشیدن است. در آنجا او تماسی تلفنی از زنی دریافت می‌کند که خود را کیوکو کوندو معرفی می‌کند. زن از کارآگاه می‌خواهد تا کار ساده‌ای را انجام دهد. کارآگاه که حس بویایی فوق‌العاده‌ای برای خطر دارد، فکر می‌کند کار آسانی است و پرونده را می‌پذیرد. روز بعد او تحقیقات خود را آغاز می‌کند.

در ظاهر، سایا یک دختر ۱۶ ساله خیره‌کننده است، اما این ظاهر جوان، روح رنج‌کشیده یک موجود نیمه‌انسان نیمه‌خون‌آشام ۴۰۰ ساله را پنهان می‌کند. او که از پدری انسان و مادری خون‌آشام متولد شده، قرن‌هاست که فردی منزوی بوده و تمام تمرکزش را روی استفاده از مهارت‌های سامورایی خود برای پاکسازی جهان از خون‌آشام‌ها گذاشته است؛ در حالی که می‌داند خودش نیز مانند کسانی که شکارشان می‌کند، فقط با خون می‌تواند زنده بماند.

یک سال از وقایع توکیوی پس از جنگ گذشته است و چاگاوا، نویسنده ناموفق، به امید تأمین آینده‌ای بهتر برای پسری که تحت سرپرستی دارد، در مسابقه جایزه آکوتاگاوا شرکت می‌کند. در همین حال، خانواده سوزوکی به طور غیرمنتظره‌ای پذیرای یکی از اقوام جدید خود می‌شوند که به سبک زندگی ساده آن‌ها به دیده تحقیر می‌نگرد.

در توکیوی پس از جنگ در سال ۱۹۵۸، ساکنان یک محله ساده در خیابان سوم، در حالی که مدرن‌سازی سریع زندگی آن‌ها را زیر سایه برج نوظهور توکیو دگرگون می‌کند، با هم تلاش می‌کنند، رویا می‌بافند و رشد می‌کنند.

یک جاسوس خارجی با نام مستعار سورگه، درست قبل از آغاز جنگ جهانی دوم و در بحبوحه جاه‌طلبی‌های امپراتوری ژاپن در شرق آسیا، به توکیو پایتخت ژاپن اعزام می‌شود. این جاسوس با یک کمونیست همدل آشنا می‌شود که مانند خودش به آرمان‌های آزادی و حاکمیت توده‌ها پایبند است. سورگه موفق می‌شود اطلاعات مفیدی درباره متحدین محور و تحرکات آن‌ها در آسیا و فراتر از آن به اتحاد جماهیر شوروی ارسال کند.

افسری امریکایی که از زندگی و اعمال خود به غایت گریزان است و برای رهایی از این خستگی ماموریتی برای مقابله با سامورایی ها را قبول میکند تا به آموزش ارتش ژاپن بپردازد . در این میان در نبردی بین ارتش ژاپن و سامورایی ها، کاپتان اتان الگرن به اسارت جنگجویان بومی ژابن در می آید و در این بین با فرهنگ و طرز فکر آنها آشنا شده و...

در شهر پهناور توکیو، تاریکی جهان پس از مرگ، برخی از ساکنان آن را که ناامیدانه در تلاش برای فرار از غم و تنهایی دنیای مدرن هستند، به سوی خود می‌کشاند.